2000年，一個科學探險隊在南極洲針對被稱作“第一使徒”亞當的“光之巨人”進行探險。在對其進行接觸實驗時，“光之巨人”自毀，從而發生了“第二次沖擊”，進而導致世界大戰。最后，人類人口減半，地軸偏轉、氣候改變。根據對“第二次沖擊”的調查，聯合國在日本箱根成立人工進化研究所（即 GEHIRN）從事EVA（指機器人）的發展研究，后GEHIRN利用在人工進化研究所下方發現的巨大空洞建造了總部。
另一方面，聯合國下屬秘密組織SEELE為了使人類進化，開始實行人類補完計劃，就是將所有人的靈魂匯集在一起，通過中和每個人的AT力場，使每個人回歸LCL之海。
2004年，EVA初號機進行啟動試驗時發生事故，碇真嗣的母親碇唯消失，碇源渡開始執行“碇源渡版本的人類補完計劃”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年開始，根據SEELE人類補完計劃劇本的安排，一種巨型人形生物“使徒”開始在日本登陸，并向NERV總部進攻，NERV組織EVA消滅使徒。在NERV與使徒作戰的同時，碇源渡秘密地執行它自己的計劃。隨著時間推移，碇源渡的計劃逐漸被SEELE發現，NERV與SEELE產生了矛盾并不斷惡化。
Director's Cut版本的第21～24集由劇場版《Death》篇剪輯而成，收錄在20周年紀念版的藍光中。
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2000年，一個科學探險隊在南極洲針對被稱作“第一使徒”亞當的“光之巨人”進行探險。在對其進行接觸實驗時，“光之巨人”自毀，從而發生了“第二次沖擊”，進而導致世界大戰。最后，人類人口減半，地軸偏轉、氣候改變。根據對“第二次沖擊”的調查，聯合國在日本箱根成立人工進化研究所（即 GEHIRN）從事EVA（指機器人）的發展研究，后GEHIRN利用在人工進化研究所下方發現的巨大空洞建造了總部。
另一方面，聯合國下屬秘密組織SEELE為了使人類進化，開始實行人類補完計劃，就是將所有人的靈魂匯集在一起，通過中和每個人的AT力場，使每個人回歸LCL之海。
2004年，EVA初號機進行啟動試驗時發生事故，碇真嗣的母親碇唯消失，碇源渡開始執行“碇源渡版本的人類補完計劃”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年開始，根據SEELE人類補完計劃劇本的安排，一種巨型人形生物“使徒”開始在日本登陸，并向NERV總部進攻，NERV組織EVA消滅使徒。在NERV與使徒作戰的同時，碇源渡秘密地執行它自己的計劃。隨著時間推移，碇源渡的計劃逐漸被SEELE發現，NERV與SEELE產生了矛盾并不斷惡化。
Director's Cut版本的第21～24集由劇場版《Death》篇剪輯而成，收錄在20周年紀念版的藍光中。
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