簡介：5萬年前，當時在地球上存在著一個東鄰亞洲，西至美洲橫跨整個太平洋的大陸穆，整個大陸的文明非常繁榮，并擁有先進的科技。穆大陸的科技及文化都是由一個叫ernst von barbem的神創造出來的，他是擁有一切的神，他預料到在2012年的12月23日一個大的輪回將結束，世界將毀滅并重新歸于混沌。所以他創造出了rahxephon系統，當毀滅的時刻來臨時，由rahxephon重新調率世界并創造新世界。 但是rahxephon系統的所有權并不在barbem手中，他只是喜歡看這整個過程，一切都由rahxephon系統以及人類和穆族來進行。他自己則在這幾萬年里不停地通過克隆技術使自己轉生。1萬2千年前，由于地殼變動，穆大陸沉入海中，整個文明毀于一旦，但是文明的碎片卻分散到了世界各地。亞特蘭蒂斯、黃河流域、尼羅河流域、安第斯山脈，他們繼承了祖先的遺產，發展出各自的文明。 與此同時，純正的穆大陸的居民在大陸沉海后的幾萬年里一直生活在異次元中，他們等待著rahxephon調率出新世界。1989年，在日本根來島的時之祠里忽然出現了兩個穆族女孩maya和quon。發現他們的是考古學家亙理士郎。亙理士郎為她們制造了假的出生證明，她們就此成為了六道家的養女。maya一直在成長，但是quon卻停止了任何生命活動，進入了睡眠狀態……
簡介：美國總統直屬特務里昂．S．肯尼迪（Leon S. Kennedy）得到情資，指出持續內戰的東歐小國東斯拉夫共和國（東スラブ共和國）在實戰中使用了生化武器，于是單獨潛入當地調查。之后美國決定自該國撤軍，同時對里昂下達撤退的命令。不過已逼近真相的里昂，為了徹底阻止生化武器所導致的一連串悲劇，決定無視命令，只身投入戰場，開始了他最嚴苛惡劣的一日...
